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Enregistrement W2913988913 · doi:10.1101/525691

Aberrant Clonal Hematopoiesis Following Lentiviral Transduction of HSPC in a Rhesus Macaque

2019· preprint· en· W2913988913 sur OpenAlexaff
Diego A. Espinoza, Xing Fan, Di Yang, Stefan Cordes, Lauren L. Truitt, Katherine R. Calvo, Idalia M. Yabe, Selami Demirci, Kristin J. Hope, So Gun Hong, Allen E. Krouse, Mark E. Metzger, Aylin Bonifacino, Rong Lu, Naoya Uchida, John F. Tisdale, Xiaolin Wu, Suk See De Ravin, Harry L. Malech, Robert E. Donahue, Chuanfeng Wu, Cynthia E. Dunbar

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueVirus-based gene therapy research
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNHLBI Division of Intramural ResearchNational Heart, Lung, and Blood InstituteTongji Medical College, Huazhong University of Science and TechnologyNational Institutes of HealthTongji UniversityHuazhong University of Science and Technology
Mots-clésBiologyTransduction (biophysics)HaematopoiesisProgenitor cellStem cellMyeloidEnhancerRhesus macaqueCancer researchViral vectorVirologyTranscription factorGeneGeneticsRecombinant DNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lentiviral vectors (LV) have been used for the delivery of genes into hematopoietic stem and progenitor cells (HSPC) in clinical trials worldwide. LV, in contrast to retroviral vectors, have not been associated with insertion site-associated malignant clonal expansions, and thus have been considered safer. Here, however, we present a case of markedly abnormal dysplastic clonal hematopoiesis impacting the erythroid, myeloid and megakaryocytic lineages in a rhesus macaque transplanted with HSPCs that were transduced with a LV containing a strong retroviral murine stem cell virus (MSCV) constitutive promoter-enhancer in the LTR. 9 insertions were mapped in the abnormal clone, resulting in overexpression and aberrant splicing of several genes of interest, including the cytokine stem cell factor and the transcription factor PLAG1. This case represents the first clear link between a lentiviral insertion-induced clonal expansion and a clinically abnormal transformed phenotype following transduction of normal primate or human HSPC, and are thus concerning, and suggest that strong constitutive promoters should not be included within LV vectors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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