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Enregistrement W2914040497 · doi:10.1373/clinchem.2018.289694

Mass Spectrometry-Based Tissue Imaging: The Next Frontier in Clinical Diagnostics?

2019· article· en· W2914040497 sur OpenAlexaff
Felix Leung, Lívia S. Eberlin, Kristina Schwamborn, Ron M. A. Heeren, Nicholas Winograd, R. Graham Cooks

Notice bibliographique

RevueClinical Chemistry · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueMass Spectrometry Techniques and Applications
Établissements canadiensMount Sinai Hospital
Organismes subventionnaires's Heeren Loo
Mots-clésContext (archaeology)Mass spectrometry imagingMALDI imagingPathologyGold standard (test)Tissue sampleComputational biologyBiological tissueBiomoleculeComputer scienceBiomedical engineeringMedicineMass spectrometryChemistryBiologyRadiologyNanotechnologyMaterials scienceChromatographyMatrix-assisted laser desorption/ionization

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The diagnosis of tissue samples traditionally has been performed by anatomic pathologists using a combination of cellular staining and light microscopy. With these techniques, pathologists can characterize various tissue features including cell morphology, structure, and composition to subsequently confirm whether a disease process is present. Although the histopathologic “gold-standard” methods are invaluable for routine tissue diagnosis, the results can be subjective, owing to a combination of factors such as variability in staining quality, nature of the sample, and human interpretation, and inconclusive for diseases that present indistinguishable histologic features. There is a need for new technologies that can be used as complementary tools in pathology for objective tissue analysis and disease diagnosis. Mass spectrometry (MS)7 imaging has been heralded as an upcoming advance in tissue analysis. The ability of MS to rapidly identify a variety of biomolecules present in a sample is highly attractive to the clinical laboratory. Indeed, MS coupled to chromatographic separation techniques is currently used to detect and/or quantify small molecules such as pharmacological agents and hormones in blood and urine. The advent of MS techniques that allow direct tissue analysis, including MALDI-MS and secondary ion MS, has allowed laboratories to extend the use of MS beyond biofluids into tissue samples. Using MALDI MS, for example, thin tissue sections can be analyzed in a nontargeted manner for the abundance and spatial distribution of biomolecules. As such, MALDI-MS imaging is being increasingly applied in clinical research, especially in the context of cancer diagnostics based on tissue proteomic and lipidomic signatures. The potential of MS in revolutionizing tissue analysis and diagnosis has driven several advances to accelerate its feasibility and utility in the clinical setting. The development of ambient ionization MS (AIMS), for example, has brought MS-based tissue imaging even closer to routine clinical use. Unlike MALDI and …

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,905
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0190,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,032
Tête enseignante GPT0,353
Écart entre enseignants0,321 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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