Limber pine (<i>Pinus flexilis</i> James) genetic map constructed by exome‐seq provides insight into the evolution of disease resistance and a genomic resource for genomics‐based breeding
Notice bibliographique
Résumé
Limber pine (Pinus flexilis) is a keystone species of high-elevation forest ecosystems of western North America, but some parts of the geographic range have high infection and mortality from the non-native white pine blister rust caused byCronartium ribicola. Genetic maps can provide essential knowledge for understanding genetic disease resistance as well as local adaptation to changing climates. Exome-seq was performed to construct high-density genetic maps in two seed families. Composite maps positioned 9612 unigenes across 12 linkage groups (LGs). Syntenic analysis of genome structure revealed that the majority of orthologs were positional orthologous genes (POGs) with localization on homologousLGs among conifer species. Gene ontology (GO) enrichment analysis showed relatively fewer constraints forPOGs with putative roles in adaptation to environments and relatively more conservation forPOGs with roles in basic cell function and maintenance. The mapped genes included 639 nucleotide-binding site leucine-rich repeat genes (NBS-LRRs), 290 receptor-like protein kinase genes (RLKs), and 1014 genes with potential roles in the defense response and induced systemic resistance to attack by pathogens. Orthologous loci for resistance to rust pathogens were identified and were co-positioned with multiple members of theR gene family, revealing the evolutionary pressure acting upon them. This high-density genetic map provides a genomic resource and practical tool for breeding and genetic conservation programs, with applications in genome-wide association studies (GWASs), the characterization of functional genes underlying complex traits, and the sequencing and assembly of the full-length genomes of limber pine and relatedPinus species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».