DNA damage repair – investigating the conformations of DNA ligase and PCNA
Notice bibliographique
Résumé
DNA damage repair is a central pillar of genomic integrity and all DNA repair pathways include DNA Ligase carrying out a 3-step reaction.Damaged DNA is not only produced from exogenous sources but also arises from normal cellular activities like genome replication.During replication, the lagging strand is synthesized as Okazaki fragments that require DNA Ligase to function efficiently.The trimeric proliferating cell nuclear antigen (PCNA) orchestrates DNA Ligase with nucleases and polymerases through their PCNA interacting peptide (PIP) motif.The PIP motif of DNA Ligase I is found in its unstructured N-terminus.An N-terminal truncation led to the crystal structure of DNA Ligase I in complex with nicked DNA.However, questions remain on Ligase domain rearrangements throughout the three steps of ligation and on its interactions with PCNA.The hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus provides a convenient model system of the DNA repair machinery found in all three branches of life.ssLigase lacks the unstructured N-terminus of human DNA Ligase I. Using a purification strategy that exploits the thermostability of the archaeal proteins, we purified S. solfataricus heterotrimeric PCNA and Ligase.ssPCNA was shown to stimulate ligation and co-eluted with ssLigase over gel filtration chromatography.We were able to visualize the ssLigase-ssPCNA-DNA complex by negative-stain electron microscopy (EM), providing insights into PCNA interaction.Using cross-linking strategies, we are pursuing a high resolution structure of this complex by cryo-EM.In parallel, we have initiated co-crystallization of ssLigase with DNA as well as the ssLigase-ssPCNA-DNA complex.With these two approaches, we will combine the atomic precision of X-ray crystallography with the ensemble domain dynamics of cryo-EM to obtain a comprehensive understanding of the final step of DNA damage repair.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».