Notice bibliographique
Résumé
Abstract To gain insight into the recent evolution of EBOLA virus (EBOV) proteins and identify evolutionary hotspots, I investigated patterns of amino acid substitutions in the proteomes of 49 members of EBOV genus including EBOV, Bundibugyo virus (BDBV), Reston virus (RESTV), Sudan virus (SUDV) and Taï Forest virus (TAFV) spanning outbreaks from 1974 to 2014 in Democratic Republic of Congo (DRC), Uganda, Gabon, Sudan, Ivory Coast, Philippines, and Guinea among humans, non-human primates, and pigs. Of the seven genes of the Ebola genome, I found significant variations in evolutionary rates of Glycoprotein (GP), RNA/dependent RNA polymerase (L), and Nucleoprotein (NP) across different lineages. GP and NP were found to evolve at 5- and 3-fold higher rate than other EBOV genes. Several residues in GP and NP show significant d N /d S >1 along the internal branches of the phylogenetic tree leading to Philippines and Sudan outbreaks. Most of these residues are located in solvent exposed areas shown previously to be antigenic. We further identified significant changes in specific amino acid properties of GP, NP and L during the recent evolutionary history of EBOV outbreaks and in particular during the 2014 outbreak. The positively selected residues and chemical properties are consistent with changes in epitope interaction and could thus be important in detecting adaptation of EBOV to the host immune defense system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».