Abstract 456: LncRNA <i>CHROME</i> is Increased in Cardiovascular Disease and Regulates Inflammatory Gene Expression
Notice bibliographique
Résumé
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a class of regulatory RNAs capable of binding DNA, RNA, and/or protein to regulate transcriptional and epigenetic networks. Although thousands of lncRNAs have been identified, relatively few have been functionally characterized. Here we identify a primate-specific lncRNA, CHROME , encoded in a locus associated with cardiovascular disease. We found that CHROME expression is increased in the plasma of patients with inflammatory conditions, including coronary artery disease and lupus, compared to control subjects. Using FANTOM, a database of transcriptome analyses, we found the CHROME locus is transcriptionally activated in human monocytes and macrophages stimulated with microbial ligands and inflammatory cytokines. To investigate CHROME’s molecular mechanisms, we used RNA immunoprecipitation (RIP) and chromatin isolation by RNA purification (ChIRP) to map CHROME lncRNA -protein and -DNA interactions, respectively. We found that CHROME has a strong histone binding affinity and its DNA binding pattern was consistent with interaction of CHROME with numerous inflammatory transcription factor motifs, including sites for CEBPβ, SPI1, NFKB, and RELA. To investigate the impact of CHROME’s interaction with DNA in macrophages, we used gain and loss of function studies combined with RNA-sequencing. Ingenuity Pathway Analysis of genes most significantly altered with both CHROME knockdown and overexpression identified the inflammatory response as the pathway most significantly altered by CHROME . In particular, repression of CHROME led to a decrease in the expression of interferon stimulated genes and receptors involved in macrophage motility. Together, these data suggest that CHROME contributes to the transcriptional regulation of inflammatory gene expression and its dysregulation in the setting of atherosclerotic cardiovascular disease may contribute to the maintenance of chronic inflammation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».