Germ Granules Functions are Memorized by Transgenerationally Inherited Small RNAs
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In C. elegans nematodes, components of liquid-like germ granules were shown to be required for transgenerational small RNA inheritance. Surprisingly, we show here that mutants with defective germ granules ( pptr-1 , meg-3/4 , pgl-1 ) can nevertheless inherit potent small RNA-based silencing responses, but some of the mutants lose this ability after many generations of homozygosity. Animals mutated in pptr-1 , which is required for stabilization of P granules in the early embryo, display extremely strong heritable RNAi responses, which last for tens of generations, long after the responses in wild type animals peter out. The phenotype of mutants defective in the core germ granules proteins MEG-3 and MEG-4, depends on the genotype of the ancestors: Mutants that derive from maternal lineages that had functional MEG-3 and MEG-4 proteins exhibit enhanced RNAi inheritance for multiple generations. While functional ancestral meg-3/4 alleles correct, and even potentiates the ability of mutant descendants to inherit RNAi, defects in germ granules functions can be memorized as well; Wild type descendants that derive from lineages of mutants show impaired RNAi inheritance for many (>16) generations, although their germ granules are intact. Importantly, while P granules are maternally deposited, wild type progeny derived from meg-3/4 male mutants also show reduced RNAi inheritance. Unlike germ granules, small RNAs are inherited also from the sperm. Moreover, we find that the transgenerational effects that depend on the ancestral germ granules require the argonaute protein HRDE-1, which carries heritable small RNAs in the germline. Indeed, small RNA sequencing reveals imbalanced levels of many endogenous small RNAs in germ granules mutants. Strikingly, we find that hrde-1;meg-3/4 triple mutants inherit RNAi, although hrde-1 was previously thought to be essential for heritable silencing. We propose that germ granules sort and shape the RNA pool, and that small RNA inheritance memorizes this activity for multiple generations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».