Genome-wide identification and analyses of bHLH family genes in <i>Brassica napus</i>
Notice bibliographique
Résumé
The bHLH (basic/helix-loop-helix) protein is one of the largest transcription factors (TFs) that is essential in regulating plant growth and development. Although the bHLH family has been identified in some organisms, a systemic study has not been performed in Brassica napus, which is the third most important oilseed crop worldwide. In the present study, a total of 460 bHLH TFs were identified from the genome of B. napus and clustered into 25 subfamilies. Structural analysis was used to identify the DNA binding type and conserved amino residues of the identified sequence in the bHLH domain. In addition, a comparative genomic analysis of B. napus and its progenitors (Brassica rapa and Brassica oleracea) and two basal angiosperms (Amborella trichopoda and Vitis vinifera) was performed to trace the change during expansion and evolution of the bHLH family. The bHLH TFs in leaves and roots showed various expression patterns. The homologs of the AA-subgenome and CC-subgenome exhibited similar expression patterns, but were more divergent between the homologs caused from other duplicate events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».