A5 ASSOCIATION ANALYSIS BETWEEN BILE ACID-METABOLIZING MICROBIOTA ABUNDANCE AND ENDOSCOPIC INFLAMMATION IN INFLAMMATORY BOWEL DISEASE PATIENTS
Notice bibliographique
Résumé
Pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD) is influenced by differences in the function of gut microbiota. Bile acid (BA) metabolism is carried out in the gastrointestinal tract mainly by three bacterial enzymes. These include a bile acid hydrolase (BSH) that deconjugates BA, as well as two enzymes producing secondary BA: a hydroxysteroid dehydrogenase (HSDH) and an alpha-dehydroxylase (ADH). BA metabolizing-microbiota (BAMM) has been demonstrated to influence host homeostasis and inflammation of the gut, but there is scarce evidence of its role in IBD To evaluate if mucosal BAMM abundance is related to endoscopic inflammation in IBD patients Ulcerative colitis (UC), IBD unclassified (IBDU), Crohn’s disease (CD) patients and healthy controls (HC) undergoing colonoscopy were recruited. Microbial DNA from terminal ileum (TI) and sigmoid colon (SC) biopsies was extracted and the 16s rRNA gene was sequenced. BAMM gene function was inferred with PICRUSt from 9000 sequences/sample using the following Clusters of Orthologous Groups (COGs): COG3049 for BSH; COG1902 for HSDH and COG1062 for ADH. Abundance of these microbial genes was compared with endoscopic inflammation using the segmental simple endoscopic score (sSES-CD) and segmental Mayo endoscopic score (sMES) in CD and UC/IBDU patients, respectively. An sSES-CD and sMES of 0–2 and 0–1, respectively, were considered indicative of non-inflamed tissue. Clinical data were obtained and users of antibiotics before colonoscopy were excluded. Non-parametric tests and false discovery correction were used in this study A total of 436 samples (TI=183 and SC=253) from 260 subjects were analyzed. The mean age of all included subjects was 37.01 ± 14.3 years, 46.3% were female, 37% CD, 43% UC/IBDU and 20% HC. Non-inflamed tissue was observed in 66% of TI and 38% of SC from IBD patients, as well as all HC samples (TI=33 and SC=51). Overall, there was no difference in BSH, HSDH and ADH gene abundance when comparing non-inflamed TI and non-inflamed SC. Comparison of non-inflamed tissue (TI vs SC) within HC, CD and UC/IBDU patients did not show a significant difference. When we compared inflamed and non-inflamed tissues within different groups and sites, only one significant increase of ADH gene abundance (COG1062) was noted in TI from CD patients, after Benjamini-Hochberg correction (Q-value=0.049, figure) Differences in inferred mucosal BAMM might be associated with tissue inflammation in IBD patients. Specifically, BA-dehydroxylating bacterial genes are increased in inflamed TI from CD patients suggesting a potential role of this microbiota function in IBD Figure. Count of Clusters of Orthologous Groups (COG)1062 between healthy controls (HC), non-inflamed and inflamed terminal ileum in Crohn’s disease (CD) patients CCC
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».