Molecular Characterization and Evolutionary Analyses of Carnivore Protoparvovirus 1 NS1 Gene
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Carnivore protoparvovirus 1 is the etiological agent of a severe disease of terrestrial carnivores. This unique specie encompasses canine parvovirus type 2 (CPV-2) and feline panleukopenia virus (FPLV). Studies widely analyzed the main capsid protein (VP2), but limited information is available on the nonstructural genes (NS1/NS2). This paper analyzed the NS1 gene sequence of FPLV and CPV strains collected in Italy in 2009–2017, along with worldwide related sequences. Differently from VP2, only one NS1 amino-acid residue (248) clearly and constantly distinguished FPLV from CPV-2, while five possible convergent amino-acid changes were observed that may affect the functional domains of the NS1. Some synonymous mutation in NS1 were non-synonymous in NS2 and vice versa. No evidence for recombination between the two lineages was found, and the predominance of negative selection pressure on NS1 proteins was observed, with low and no overlap between the two lineages in negatively and positively selected codons, respectively. More sites were under selection in the CPV-2 lineage. NS1 phylogenetic analysis showed divergent evolution between FPLV and CPV, and strains were clustered mostly by country and year of detection. We highlight the importance of obtaining the NS1/NS2 coding sequence in molecular epidemiology investigations.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle