Guidelines for Validation of Qualitative Real-Time PCR Methods for Molecular Diagnostic Identification of Probiotics
Notice bibliographique
Résumé
Backgroud: Probiotics have been shown to benefit human health through several mechanisms, including their role in improving the health of our gastrointestinal tracts. The health benefits of probiotics are strain specific, and therefore it is critical to include the correct strains in probiotic products when claiming specific health benefits. Several studies have reported issues concerning the accuracy of labeling of commercial probiotic products, including inaccurate taxonomy, missing species, or undeclared species. Consequently, there is a growing need to develop and validate assays to reliably verify strain identity in commercial probiotic products. PCR-based methods are the most commonly used methods for food species ingredient diagnostics because they are simple, fast, sensitive, and can be validated. Objective: The aim of this paper is to set the guidelines for validating targeted qualitative real-time PCR assays to verify the presence of specific strains in a probiotic supplement. Methods and Results: Qualitative real-time PCR assays are validated to evaluate the assay performance in terms of specificity, sensitivity, repeatability, and reproducibility in detecting target strains. Conclusions and Highlights: Setting these guidelines will facilitate and streamline the validation process for qualitative real-time PCR-based assays for probiotic identity authentication in support of quality assurance systems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,096 | 0,113 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,014 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,009 |
| Communication savante | 0,006 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,012 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,014 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,020 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».