Gene-methylation interactions: Discovering region-wise DNA methylation levels that modify SNP-associated disease risk
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The genetic code is tightly linked to epigenetic instructions as to what genes to express, and when and where to express them. The most studied epigenetic mark is DNA methylation at CpG dinucleotides. Today’s technology enables a rapid assessment of DNA sequence and methylation levels at a single-site resolution for hundreds of thousands of sites in the human genome, in thousands of individuals at a time. Recent years have seen a rapid increase in epigenome-wide association studies (EWAS) searching for the causes of risk for genetic diseases that previous genome-wide association studies (GWAS) could not pinpoint. However, those single-omics data analyses led to even more questions and it has become clear that only by integrating data one can get closer to answers. Here, we propose two new methods within genetic association analyses that treat the level of DNA methylation at a given CpG site as environmental exposure. Our analyses search for statistical interactions between a given allele and DNA methylation ( G × Me ), and between a parent-of-origin effect and DNA methylation (PoO× Me). The new methods were implemented in the R package Haplin and were tested on a dataset comprising genotype data from mother-father-child triadsm with DNA methylation data from the children only. The phenotype here was orofacial clefts (OFC), a relatively common birth defect in humans, which is known to have a genetic origin and an environmental component possibly mediated by DNA methylation. We found no significant PoO×Me interactions and a few significant G×Me interactions. Our results show that the significance of these interaction effects depends on the genomic region in which the CpGs reside and on the number of strata of methylation level. We demonstrate that, by including the methylation level around the SNP in the analyses, the estimated relative risk of OFC can change significantly. We also discuss the importance of including control data in such analyses. The new methods will be of value for all the researchers who want to explore genome- and epigenome-wide datasets in an integrative manner. Moreover, thanks to the implementation in a popular R package, the methods are easily accessible and enable fast scans of the genome- and epigenome-wide datasets.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».