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Enregistrement W2939845202 · doi:10.1016/j.ebiom.2019.04.022

Deep learning only by normal brain PET identify unheralded brain anomalies

2019· article· en· W2939845202 sur OpenAlexfundno aff
Hongyoon Choi, Seunggyun Ha, Hyejin Kang, Hyekyoung Lee, Dong Soo Lee

Notice bibliographique

RevueEBioMedicine · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of California, San DiegoGenentechNational Institutes of HealthMinistry of Science and ICT, South KoreaH. Lundbeck A/SFujirebio EuropeEisaiServierMinistry of Science ICT and Future PlanningMeso Scale DiagnosticsNational Research Foundation of KoreaMinistry of Science, ICT and Future PlanningNational Institute on AgingMinistry of EnvironmentNorthern California Institute for Research and EducationMinistry of Education, IndiaPfizerBiogenBioClinicaUniversity of Southern CaliforniaNovartis Pharmaceuticals CorporationU.S. Department of DefenseEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbF. Hoffmann-La RocheAlzheimer's Drug Discovery FoundationJohnson and Johnson Pharmaceutical Research and DevelopmentNational Research FoundationIXICOTakeda Pharmaceutical CompanyAbbVieAlzheimer's AssociationFoundation for the National Institutes of HealthGE HealthcareAlzheimer's Disease Neuroimaging Initiative
Mots-clésAbnormalityAutoencoderReceiver operating characteristicArtificial intelligenceDeep learningArea under the curveNeuroimagingMedicineMachine learningComputer scienceInternal medicinePsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Recent deep learning models have shown remarkable accuracy for the diagnostic classification. However, they have limitations in clinical application due to the gap between the training cohorts and real-world data. We aimed to develop a model trained only by normal brain PET data with an unsupervised manner to identify an abnormality in various disorders as imaging data of the clinical routine. METHODS: Using variational autoencoder, a type of unsupervised learning, Abnormality Score was defined as how far a given brain image is from the normal data. The model was applied to FDG PET data of Alzheimer's disease (AD) and mild cognitive impairment (MCI) and clinical routine FDG PET data for assessing behavioral abnormality and seizures. Accuracy was measured by the area under curve (AUC) of receiver-operating-characteristic (ROC) curve. We investigated whether deep learning has additional benefits with experts' visual interpretation to identify abnormal patterns. FINDINGS: The AUC of the ROC curve for differentiating AD was 0.90. The changes in cognitive scores from baseline to 2-year follow-up were significantly correlated with Abnormality Score at baseline. The AUC of the ROC curve for discriminating patients with various disorders from controls was 0.74. Experts' visual interpretation was helped by the deep learning model to identify abnormal patterns in 60% of cases initially not identified without the model. INTERPRETATION: We suggest that deep learning model trained only by normal data was applicable for identifying wide-range of abnormalities in brain diseases, even uncommon ones, proposing its possible use for interpreting real-world clinical data.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,238
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,300 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations70
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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