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Enregistrement W2944745527 · doi:10.1371/journal.ppat.1007736

A novel interaction between dengue virus nonstructural protein 1 and the NS4A-2K-4B precursor is required for viral RNA replication but not for formation of the membranous replication organelle

2019· article· en· W2944745527 sur OpenAlexfundno aff
Anna Płaszczyca, Pietro Scaturro, Christopher J. Neufeldt, Mirko Cortese, Berati Cerikan, Salvatore Ferla, Andrea Brancale, Andreas Pichlmair, Ralf Bartenschlager

Notice bibliographique

RevuePLoS Pathogens · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMosquito-borne diseases and control
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEuropean CommissionDeutsche ForschungsgemeinschaftInstitut national de la recherche scientifique
Mots-clésBiologyDengue virusViral replicationRNADengue feverEndoplasmic reticulumVirologyCell biologyHost factorVirusGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dengue virus (DENV) has emerged as major human pathogen. Despite the serious socio-economic impact of DENV-associated diseases, antiviral therapy is missing. DENV replicates in the cytoplasm of infected cells and induces a membranous replication organelle, formed by invaginations of the endoplasmic reticulum membrane and designated vesicle packets (VPs). Nonstructural protein 1 (NS1) of DENV is a multifunctional protein. It is secreted from cells to counteract antiviral immune responses, but also critically contributes to the severe clinical manifestations of dengue. In addition, NS1 is indispensable for viral RNA replication, but the underlying molecular mechanism remains elusive. In this study, we employed a combination of genetic, biochemical and imaging approaches to dissect the determinants in NS1 contributing to its various functions in the viral replication cycle. Several important observations were made. First, we identified a cluster of amino acid residues in the exposed region of the β-ladder domain of NS1 that are essential for NS1 secretion. Second, we revealed a novel interaction of NS1 with the NS4A-2K-4B cleavage intermediate, but not with mature NS4A or NS4B. This interaction is required for RNA replication, with two residues within the connector region of the NS1 "Wing" domain being crucial for binding of the NS4A-2K-4B precursor. By using a polyprotein expression system allowing the formation of VPs in the absence of viral RNA replication, we show that the NS1 -NS4A-2K-4B interaction is not required for VP formation, arguing that the association between these two proteins plays a more direct role in the RNA amplification process. Third, through analysis of polyproteins containing deletions in NS1, and employing a trans-complementation assay, we show that both cis and trans acting elements within NS1 contribute to VP formation, with the capability of NS1 mutants to form VPs correlating with their capability to support RNA replication. In conclusion, these results reveal a direct role of NS1 in VP formation that is independent from RNA replication, and argue for a critical function of a previously unrecognized NS4A-2K-NS4B precursor specifically interacting with NS1 and promoting viral RNA replication.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations122
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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