Still Something to Discover: Novel Insights into Escherichia coli Phage Diversity and Taxonomy
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this study was to gain further insight into the diversity of Escherichia coli phages followed by enhanced work on taxonomic issues in that field. Therefore, we present the genomic characterization and taxonomic classification of 50 bacteriophages against E. coli isolated from various sources, such as manure or sewage. All phages were examined for their host range on a set of different E. coli strains, originating, e.g., from human diagnostic laboratories or poultry farms. Transmission electron microscopy revealed a diversity of morphotypes (70% Myo-, 22% Sipho-, and 8% Podoviruses), and genome sequencing resulted in genomes sizes from ~44 to ~370 kb. Annotation and comparison with databases showed similarities in particular to T4- and T5-like phages, but also to less-known groups. Though various phages against E. coli are already described in literature and databases, we still isolated phages that showed no or only few similarities to other phages, namely phages Goslar, PTXU04, and KWBSE43-6. Genome-based phylogeny and classification of the newly isolated phages using VICTOR resulted in the proposal of new genera and led to an enhanced taxonomic classification of E. coli phages.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle