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Enregistrement W2946394088

Detection and characterization of antimicrobial resistant bacteria from imported reptile and amphibian meat products

2019· dissertation· en· W2946394088 sur OpenAlexfundaboutno aff
Beverly J. Morrison

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueSalmonella and Campylobacter epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésAmphibianAntimicrobialBacteriaBiologyMicrobiologyBiotechnologyEcology
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Meat from food-producing animals play an important role in the dissemination of antimicrobial resistant bacteria. Active surveillance programs target major agricultural animals but do not include niche food products. In the current investigation, we sought to (1) Identify bacterial pathogens from imported reptile and amphibian meat products and determine the presence of broad spectrum β-lactamase and colistin resistance genes, (2) determine the antimicrobial resistance profiles of Macrococcus caseolyticus isolated from imported meat products and (3) develop a culture medium for the selective isolation of M. caseolyticus. Fifty-three imported reptile and amphibian meat products were purchased from markets in Vancouver, BC and Saskatoon, SK. We found that 41.5% (22/53) of the products carried antimicrobial resistant bacteria with identifiable extended spectrum β-lactamase (ESBL), AmpC β-lactamase, carbapenemase and mobile colistin resistance genes. Seventy-one isolates from 7 genera of Enterobacteriaceae were recovered (from 41 of the 53 products), with none of the Salmonella isolates resistant to any of the antimicrobials tested. One multidrug resistant E. coli, isolated from a soft shell turtle, produced the CTX-M-55 enzyme and possessed the mcr-1 gene conferring mobile colistin resistance. An NDM-1 carbapenemase-producing Acinetobacter spp. was also isolated from a dried turtle carapace. Gram-positive bacteria resembling Staphylococcus aureus were isolated from imported meat samples and identified as Macrococcus caseolyticus; a commensal bacterium found from animal skin and food products. All isolates were resistant to the β-lactam class of drugs, including meropenem, and possessed the mecB gene conferring methicillin resistance. As the ecological distribution of M. caseolyticus in nature is largely unknown, we developed a selective culture medium to help facilitate targeted prevalence studies. Of the prepared selective media challenged, colistin nalidixic acid (CNA) blood agar with ampicillin 0.5µg/ml and meropenem 0.5µg/ml worked the best. This medium facilitated the growth of M. caseolyticus while inhibiting the growth of Gram-negative and most Gram-positive bacteria except for Enterococcus spp. This is the first study to determine the prevalence of antimicrobial resistance and identify ESBL, AmpC β-lactamase, carbapenemase, methicillin and colistin resistance genes from imported reptile and amphibian meat products. More research is required to evaluate the magnitude of the risk that these products have to public health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,198 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission2
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