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Enregistrement W2947335069 · doi:10.1101/651463

Genetically encoded intrabody sensors illuminate structural and functional diversity in GPCR-β-arrestin complexes

2019· preprint· en· W2947335069 sur OpenAlexaff
Mithu Baidya, Punita Kumari, Hemlata Dwivedi, Eshan Ghosh, Badr Sokrat, Silvia Sposini, Shubhi Pandey, Jana Selent, Aylin C. Hanyaloglu, Michel Bouvier, Arun K. Shukla

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueReceptor Mechanisms and Signaling
Établissements canadiensUniversité de MontréalInstitute for Research in Immunology and Cancer
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research Council
Mots-clésG protein-coupled receptorArrestinReceptorContext (archaeology)Signal transductionFunctional selectivityPhosphorylationBiologyFunctional diversityComputational biologyCell biologyNeuroscienceBiochemistryEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Interaction of β-arrestins (βarrs) upon agonist-stimulation is a hallmark of G protein-coupled receptors (GPCRs) resulting in receptor desensitization, endocytosis and signaling. Although overall functional roles of βarrs are typically believed to be conserved across different receptors, emerging data now clearly unveils receptor-specific functional contribution of βarrs. The underlying mechanism however remains mostly speculative and represents a key missing link in our current understanding of GPCR signaling and regulatory paradigms. Here, we develop synthetic intrabody-based conformational sensors that help us visualize the assembly and trafficking of GPCR-βarr1 complexes in cellular context for a broad set of receptors with spatio-temporal resolution. Surprisingly, these conformational sensors reveal a previously unappreciated level of diversity in GPCR-βarr complexes that extends beyond the current framework of affinity-based classification and phosphorylation-code-based interaction patterns. More importantly, this conformational diversity arising from spatial signature of phosphorylation sites manifests directly in the form of distinct functional outcomes, including even opposite contribution of βarrs in signal-transduction for different receptors. Taken together, these findings uncover that despite an overall similar interaction and trafficking patterns; critical structural and functional differences exist in βarr complexes for different GPCRs that define and fine-tune receptor-specific downstream responses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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