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Enregistrement W2947388337 · doi:10.1038/s41380-019-0463-8

A polygenic resilience score moderates the genetic risk for schizophrenia

2019· article· en· W2947388337 sur OpenAlexfundno aff
Jonathan Hess, Manuel Mattheisen, Anders D. Børglum, Thomas D. Als, Jakob Grove, Thomas Werge, Preben Bo Mortensen, Ole Mors, Merete Nordentoft, David M. Hougaard, Jonas Byberg-Grauholm, Marie Bækvad‐Hansen, Tiffany A. Greenwood, Ming T. Tsuang, David Curtis, Stacy Steinberg, Engilbert Sigurðsson, Hreinn Stefánsson, Howard J. Edenberg, Peter Holmans, Stephen V. Faraone, Stephen J. Glatt

Notice bibliographique

RevueMolecular Psychiatry · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesJanssen Research and DevelopmentNational Institute of Mental HealthRussian Academy of SciencesStanley Center for Psychiatric Research, Broad InstituteCampbell Family Mental Health Research InstituteUniversity of Colorado DenverNational Institutes of HealthJane and Terry Semel Institute for Neuroscience and Human Behavior, University of California, Los AngelesPécsi TudományegyetemFujita Health UniversityUniversitätsklinikum JenaMedizinische Universität WienUniversity of Colorado BoulderUniversität RegensburgGenome Institute of SingaporeJohns Hopkins UniversityUniversitetet i OsloEli Lilly and CompanyDanmarks Tekniske UniversitetSichuan UniversityJohns Hopkins Bloomberg School of Public HealthUniversitetet i BergenUniverzita Karlova v PrazeSamfundet FolkhälsanNational Institute on AgingUniversity of Hong KongStatens Serum InstitutUniversität HeidelbergUniversiteit van AmsterdamDepartment of Psychiatry, Columbia UniversityUniversität WienQueensland Brain InstituteKarolinska InstitutetUniversity of QueenslandRijksuniversiteit GroningenSidney R. Baer, Jr. FoundationInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleTrinity College DublinUniversity College CorkPomorski Uniwersytet Medyczny W SzczecinieVrije Universiteit AmsterdamUniversity of OxfordMedical Research CouncilTartu ÜlikoolUniversity of GalwayBroad InstituteUniversity of Southern CaliforniaUniversidad de CantabriaWellcome TrustLundbeckfondenUniversity College LondonRoyal College of Surgeons in IrelandEuropean CommissionNorthShore University HealthSystemNational Institute on Alcohol Abuse and AlcoholismUniversiteit MaastrichtNational University of IrelandWest China Hospital, Sichuan UniversityLondon School of Hygiene and Tropical MedicineHebrew University of JerusalemTerveyden ja hyvinvoinnin laitosCentre National de la Recherche ScientifiqueKing's College LondonVirginia Commonwealth UniversityF. Hoffmann-La RocheUniversity of North Carolina at Chapel HillHarvard UniversityNational Institute for Health and Care ResearchMassachusetts General HospitalUniversity of California, Los AngelesPfizerUniversität BaselNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionCardiff UniversityRheinische Friedrich-Wilhelms-Universität BonnUniversitair Medisch Centrum GroningenU.S. Department of Health and Human Services
Mots-clésPolygenic risk scoreSchizophrenia (object-oriented programming)Construct (python library)Genome-wide association studyGenetic architectureGeneticsAlleleMultifactorial InheritanceGenomicsPsychologyBiologyQuantitative trait locusPsychiatrySingle-nucleotide polymorphismGenomeGeneGenotypeComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Based on the discovery by the Resilience Project (Chen R. et al. Nat Biotechnol 34:531-538, 2016) of rare variants that confer resistance to Mendelian disease, and protective alleles for some complex diseases, we posited the existence of genetic variants that promote resilience to highly heritable polygenic disorders1,0 such as schizophrenia. Resilience has been traditionally viewed as a psychological construct, although our use of the term resilience refers to a different construct that directly relates to the Resilience Project, namely: heritable variation that promotes resistance to disease by reducing the penetrance of risk loci, wherein resilience and risk loci operate orthogonal to one another. In this study, we established a procedure to identify unaffected individuals with relatively high polygenic risk for schizophrenia, and contrasted them with risk-matched schizophrenia cases to generate the first known "polygenic resilience score" that represents the additive contributions to SZ resistance by variants that are distinct from risk loci. The resilience score was derived from data compiled by the Psychiatric Genomics Consortium, and replicated in three independent samples. This work establishes a generalizable framework for finding resilience variants for any complex, heritable disorder.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,158
Score d'incertitude au seuil0,632

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations63
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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