Unselected germline screening in pancreatic adenocarcinoma yields high rates of pathogenic and likely pathogenic variants (PV) in hereditary cancer susceptibility genes.
Notice bibliographique
Résumé
1582 Background: Recent literature cites a germline mutation rate of 3.9-15.1% in patients diagnosed with pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) depending on breadth of genes tested, pre-selection of high-risk history and population substructure. True incidence of germline mutations in PDAC is unknown in unselected population. Methods: All patients (pts) diagnosed with PDAC in the province of British Columbia, Canada and referred to the Hereditary Cancer Program, were eligible to undergo 30 gene Color saliva kit testing under a research protocol, or clinical multigene testing if they met existing local criteria regardless of whether they signed on to the protocol. Any healthcare provider or patients themselves could refer. Results: 243 pts were referred between August 2016 and October 2018 but 25.1% (61) declined and 9.1% (22) died before testing. Of the 141 pts who consented to research protocol and completed germline testing, median age was 64 (46.1-81.0), 68.8% were European, 1.4% Ashkenazi Jewish heritage, 42% male, 61% non-smoker, 24.1% had personal history of a second cancer and 39% had metastatic disease. Baseline characteristics were similar between the PV positive and uninformative group. 20/25 PV were in known PDAC susceptibility genes with cascade screening implications (ATM (9), BRCA2 (4), BRCA2/ATM (1), CDKN2A (4), and MSH2 (2)). Excluding the 3 PV identified through carrier testing (1) and prior research identification (2), the rate of PV in unselected, unrelated PDAC cohort is 22/138 (15.9%). Utilizing previous NCCN criteria for BRCA1/BRCA2 testing or for familial pancreatic cancer did not appear to select for patients with higher risk of PV positive (12/65 (18.4%) PV positive rate versus 13/76 (17.1%) in those that didn’t meet criteria). Previous criteria would have missed 52% (13/25) PV in ATM (6), BRCA2/ATM (1), BRCA2 (2), MSH2 (2), NBN (1), CHEK2 (1). To date, a third of families with PV identified have accessed cascade testing in 38 relatives. Conclusions: Given the high incidence of 15.9% PV in hereditary cancer susceptibility genes, our data support recommendations for universal germline genetic testing of PDAC pts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».