Lost in Translation: Challenges with Heterologous Expression of Lichen Polyketide Synthases
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The ability to functionally express proteins in hosts is a precondition to an advanced understanding of the biosynthetic pathways that are responsible for producing life's complex molecules. The study of secondary metabolites in lichen‐forming fungi has long been hampered by slow growth. This study, reports on heterologous expression trials of four polyketide synthase (PKS) genes from C. uncialis in Aspergillus oryzae NSAR1. Isolation of mRNA and RT‐PCR demonstrated that A. oryzae can transcribe all lichen genes and remove introns to produce translationally‐coherent mRNA. Transformation of A. oryzae with a codon‐optimized PKS did not result in metabolite production, nor did co‐expression of a number of accessory genes restore function to any lichen PKS. Genes encoding an orsellinic acid synthase (OAS) from Fusarium sp. and a 6‐methylsalicylic acid synthase (6MSAS) from Penicillum sp. were transformed into A. oryzae . Readily detectable amounts of de novo orsellinic acid and 6‐methylsalicylic acid biosynthesis were observed in A. oryzae when transformed with these non‐lichen PKS genes. However, transformation with functionally homologous PKS genes from C. uncialis produced no detectable product. This work demonstrates that lichen PKS genes are correctly transcribed by A. oryzae but that polyketide biosynthesis failed for a reason that is presently unknown but may be attributable to a fault of translation
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».