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Enregistrement W2949033967 · doi:10.1038/s41467-019-10577-3

Inhibition of CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complex assembly by anti-CRISPR AcrIIC2

2019· article· en· W2949033967 sur OpenAlexafffund
Annoj Thavalingam, Zhi Cheng, Bianca Garcı́a, Xue Huang, Megha Shah, Wei Sun, Min Wang, Lucas B. Harrington, Sungwon Hwang, Yurima Hidalgo-Reyes, Erik J. Sontheimer, Jennifer A. Doudna, Alan R. Davidson, Trevor F. Moraes, Yanli Wang, Karen L. Maxwell

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesChinese Academy of SciencesNational Natural Science Foundation of China-Yunnan Joint FundCanadian Light SourceNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNational Natural Science Foundation of ChinaNational Institutes of HealthGovernment of CanadaSalt Science Research FoundationMinistry of Science and Technology of the People's Republic of ChinaFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésCRISPRRibonucleoproteinGenome editingCas9Trans-activating crRNAComputational biologyBiologyGeneticsRNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract CRISPR-Cas adaptive immune systems function to protect bacteria from invasion by foreign genetic elements. The CRISPR-Cas9 system has been widely adopted as a powerful genome-editing tool, and phage-encoded inhibitors, known as anti-CRISPRs, offer a means of regulating its activity. Here, we report the crystal structures of anti-CRISPR protein AcrIIC2 Nme alone and in complex with Nme1Cas9. We demonstrate that AcrIIC2 Nme inhibits Cas9 through interactions with the positively charged bridge helix, thereby preventing sgRNA loading. In vivo phage plaque assays and in vitro DNA cleavage assays show that AcrIIC2 Nme mediates its activity through a large electronegative surface. This work shows that anti-CRISPR activity can be mediated through the inhibition of Cas9 complex assembly.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,322
Écart entre enseignants0,311 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations77
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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