Examination of Australian <i>Streptococcus suis</i> Isolates From Clinically Affected Pigs in a Global Context and the Genomic Characterisation of ST1 as a Predictor of Virulence
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Streptococcus suis is a major zoonotic pathogen that causes severe disease in both humans and pigs. In this study, we investigated S. suis from 148 cases of clinical disease in pigs from 46 pig herds over a period of seven years. These isolates underwent whole genome sequencing, genome analysis and antimicrobial susceptibility testing. Genome sequence data of Australian isolates was compared at the core genome level to clinical isolates from overseas. Results demonstrated eight predominant multi-locus sequence types and two major cps gene types (cps2 and 3). At the core genome level Australian isolates clustered predominantly within one large clade consisting of isolates from the UK, Canada and North America. In particular, serotype 2 MLST25 strains were very closely associated with Canadian and North American strains. A very small proportion of Australian swine isolates (5%) were phylogenetically associated with south-east Asian and UK isolates, many of which were classified as causing systemic disease, and derived from cases of human and swine disease. In addition, we show that ST1 clones carry a constellation of putative virulence genes not present in other Australian STs, and that this is mirrored in overseas ST1 clones. Based on this dataset we provide a comprehensive outline of the current S. suis clones associated with disease in Australian pigs and their global context, and discuss the implications this has on antimicrobial therapy, potential vaccine candidates and public health. Importance In this study, we examine in detail, the genomic characteristics of 148 Streptococcus suis isolates from clinically diseased Australian pigs. We report the antimicrobial susceptibility profiles, virulence gene analysis and relationship to isolates from other regions of the world. We also demonstrate that ST1 clones, regardless of serotype, carry a large array of putative virulence genes while maintaining a small total gene content. This compilation of data has major ramifications for vaccine development, and refines the understanding of the distribution of various strains of this potentially-fatal zoonotic agent in the global pig industry
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».