Recent Secondary Contacts, Linked Selection, and Variable Recombination Rates Shape Genomic Diversity in the Model Species Anolis carolinensis
Notice bibliographique
Résumé
Gaining a better understanding on how selection and neutral processes affect genomic diversity is essential to gain better insights into the mechanisms driving adaptation and speciation. However, the evolutionary processes affecting variation at a genomic scale have not been investigated in most vertebrate lineages. Here, we present the first population genomics survey using whole genome resequencing in the green anole (Anolis carolinensis). Anoles have been intensively studied to understand mechanisms underlying adaptation and speciation. The green anole in particular is an important model to study genome evolution. We quantified how demography, recombination, and selection have led to the current genetic diversity of the green anole by using whole-genome resequencing of five genetic clusters covering the entire species range. The differentiation of green anole's populations is consistent with a northward expansion from South Florida followed by genetic isolation and subsequent gene flow among adjacent genetic clusters. Dispersal out-of-Florida was accompanied by a drastic population bottleneck followed by a rapid population expansion. This event was accompanied by male-biased dispersal and/or selective sweeps on the X chromosome. We show that the interaction between linked selection and recombination is the main contributor to the genomic landscape of differentiation in the anole genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».