Iron acquisition and haemolysin production by strains of the Actinobacillus minor/"porcitonsillarum" complex
Notice bibliographique
Résumé
Six membres du complexe d'Actinobacillus minor/"porcitonsillarum", souches 33PN et 7ATS, souches NM305T et 202 d'Actinobacillus minor, et souches 0347 et 9953L55 d'Actinobacillus 'porcitonsillarum', ont été étudiés en ce qui concerne l'acquisition du fer et la production d'hémolysine. Traditionnellement, l'activité hémolytique a été employée afin de distinguer entre A. minor et 'A. porcitonsillarum', le dernier organisme étant hémolytique tandis que le premier étant non hémolytique. Cependant, l'analyse génomique des séquences entières de shotgun ont indiqués que la souche A. minor 202, tel que 'A. porcitonsillarum', possède un opéron d'apxII qui code pour l'hémolysine alors que la souche NM305T n'en possède pas. Les approches de PCR ont permis l'amplification des gènes d'apxII de la souche 33PN, mais pas de la souche 7ATS, suggérant que la souche 33PN, mais pas 7ATS, possède également un opéron d'apxII. Tous les six souches ont produit des hémolysines qui pourraient lyser des érythrocytes provenant du lapin. Les spécificités d'érythrocyte des hémolysines produites par les espèces 202 et 33PN ont indiqué que les activités hémolytiques de ces souches étaient dues à ApxII. L'analyse de la séquence d'acides aminés de la souche de Apxll 202, en utilisant les outils de bioinformatique MitoProt II, a révélé que la région N-terminale de cette protéine a le potentiel pour servir de signal d'adressage mitochondrial.En accord avec la possibilité d'un manquement de gènes d'apxII chez les souches NM305T et 7ATS, les hémolysines produites par ces organismes n'étaient pas spécifiques à l'érythrocyte et l'activité hémolytique semblait être due par une combinaison des composants labiles à la chaleur et thermostables.Tous les six souches avaient acquis le fer provenant de l'hémoglobines porcines, bovines et humaines mais pas de la transferrine porcine. Les analyses génomiques des séquences entières de shotgun ont démontré que les souches NM305T et 202 manquaient non seulement des gènes codant pour des protéines pouvant lier la transferrine, en particulier le tbpA et du tbpB, mais également le gène hgbA qui code pour le protéine pouvant lier des hémoglobines. Cependant, les souches NM305T et 202 se sont avérées de posséder d'autres gènes putatif codant pour des protéines pouvant lier le haemin/hémoglobine qui ont été prévus de coder pour des protéines matures de ~72 et ~75 kDa, respectivement. Une procédure d'affinité basée sur l'agarose de haemin a permis l'isolement des polypeptides répressif du fer provenant de la membrane externe des souches de NM305T and 202, respectivement, et ayant une masse entre ~65 et ~67-kDa, tandis que la spectrométrie de masse a démontré que ces polypeptides étaient les produits des gènes putatif codant pour des protéines pouvant lier le haemin/hémoglobine. Les approches de PCR ont permis l'amplification et le séquencement des homologues de gènes codant pour les protéines pouvant lier le haemin/hémoglobine de chacune des quatre autres souches, notamment les souches 33PN et 7ATS, et souches 9953L55 et 0347 d'A. "porcitonsillarum", suggérant que de telles protéines sont impliquées dans l'utilisation du fer lier a l'hémoglobine, vraisemblablement en tant que des récepteurs trouvant sur la surface, par chacune des six souches étudiées.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».