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Enregistrement W2951324712 · doi:10.1101/521120

Effect of ceftiofur cessation and substitution with lincomycin-spectinomycin on extended-spectrum-beta-lactamase/AmpC genes and multidrug resistance in <i>E. coli</i> from a Canadian broiler production pyramid

2019· preprint· en· W2951324712 sur OpenAlexafffundabout
L. Verrette, John M. Fairbrother, Martine Boulianne

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food CanadaUniversité de Montréal
Mots-clésCeftiofurSpectinomycinLincomycinMicrobiologyCephalosporinAntimicrobialBiologyEscherichia coliMultiple drug resistanceAntibiotic resistancePenicillinDrug resistanceAntibioticsGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Ceftiofur, a cephalosporin antimicrobial, was used systematically in Canadian hatcheries for many years to prevent early mortality in chicks leading to a high prevalence of cephalosporin resistance in Escherichia coli in chickens. Preventive use of ceftiofur in hatcheries ceased in 2014. We examined the effect of ceftiofur cessation and replacement with lincomycin-spectinomycin at the hatchery on the proportion of E. coli positive for extended-spectrum β-lactamase (ESBL) and AmpC β-lactamase related genes, and on the multidrug resistance profiles of ESBL/AmpC positive E. coli in broilers and their associated breeders, at one year post-cessation. For indicator E. coli from non-enriched media, a significant decrease post-cessation in the proportion of samples harboring E. coli isolates positive for bla CMY-2 and/or bla CTX-M was observed. In contrast, following enrichment in medium containing ceftriaxone (1mg/L) to facilitate recovery of ESBL/AmpC β-lactamase producing E. coli colonies, both pre- and post-cessation, 99% of the samples harbored E. coli positive for bla CMY-2 or bla CTX-M . Flocks receiving lincomycin-spectinomycin after cessation of ceftiofur showed a significantly greater non-susceptibility to aminoglycoside, folate inhibitor, phenicol, tetracycline and possible extensively drug resistant E. coli compared to those receiving ceftiofur or no antimicrobial at hatchery. This study clearly demonstrates an initial decrease in ESBL/AmpC positive E. coli following the cessation of ceftiofur in hatchery but an increase in multidrug resistant E. coli following replacement with lincomycin-spectinomycin. Importance Antimicrobial resistance is a global problem. The antimicrobial ceftiofur has been used worldwide for disease prevention in poultry production resulting in a greatly increased resistance to this antimicrobial important in poultry and human medicine. Our study examines the impact of ceftiofur cessation and its replacement with the antimicrobial combination lincomycin-spectinomycin, a common practice in the industry. Our study demonstrated a decrease in ceftiofur resistance after the cessation of its use, although the resistance genes remain ubiquitous in all phases of poultry production, showing that poultry remains a reservoir for ceftiofur resistance and requiring continued vigilance. We also observed a decrease in multidrug resistance after cessation of ceftiofur although the contrary finding following use of lincomycin-spectinomycin indicates that the use of these antimicrobials should be questioned. Reduced resistance to ceftiofur in poultry may translate to better treatment efficacy, decreased morbidity, mortality, duration and cost of hospitalization in humans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,739
Score d'incertitude au seuil0,518

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,201
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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