Monomorphic genotypes within a generalist lineage of Campylobacter jejuni show signs of global dispersion
Notice bibliographique
Résumé
The decreased costs of genome sequencing have increased the capability to apply whole-genome sequencing to epidemiological surveillance of zoonotic Campylobacter jejuni. However, knowledge of the genetic diversity of this bacteria is vital for inferring relatedness between epidemiologically linked isolates and a necessary prerequisite for correct application of this methodology. To address this issue in C. jejuni we investigated the spatial and temporal signals in the genomes of a major clonal complex and generalist lineage, ST-45 CC, by analysing the population structure and genealogy as well as applying genome-wide association analysis of 340 isolates from across Europe collected over a wide time range. The occurrence and strength of the geographical signal varied between sublineages and followed the clonal frame when present, while no evidence of a temporal signal was found. Certain sublineages of ST-45 formed discrete and genetically isolated clades containing isolates with extremely similar genomes regardless of time and location of sampling. Based on a separate data set, these monomorphic genotypes represent successful C. jejuni clones, possibly spread around the globe by rapid animal (migrating birds), food or human movement. In addition, we observed an incongruence between the genealogy of the strains and multilocus sequence typing (MLST), challenging the existing clonal complex definition and the use of whole-genome gene-by-gene hierarchical nomenclature schemes for C. jejuni .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».