Characterization of TOPHAT, a novel domesticated transposable element gene
Notice bibliographique
Résumé
With the advent of high-throughput sequencing, it has been revealed that protein-coding genes constitute only a small portion of the genome. Comprising a large segment of the genome are transposons, or transposable elements (TEs), which have been classically regarded as “selfish” or “junk” DNA. Research on deciphering the non-coding regions has been a more recent area of focus, and TEs have been shown to be a contributing factor in genome evolution.The activity of TEs can be induced by environmental and population factors in various organisms. As part of the VEGI project, abiotic stress screens were performed on a curated set of T-DNA insertional mutagenesis lines to identify domesticated transposable element (DTE) genes with putative functions. In this screen, one uncharacterized DTE, which we have named TOPHAT, showed significant phenotypes in multiple abiotic tolerance screens (salt, nitrogen use efficiency, freezing). TOPHAT overexpression lines were created in a wild-type background to further characterize this DTE gene. In a parallel RNA-sequencing experiment, expression analyses confirmed the osmotic stress phenotype in the knockout line and identified a large group of pathogen defence genes that are expressed constitutively in the overexpression genotype. Proteins encoded by these genes play critical roles in pathogen recognition and the activation of defence responses. We propose that TOPHAT is a DTE that causes changes in the expression of a host of genes through a synergistic co-regulation with other genes in its gene family. Among those are genes which are associated with abiotic and biotic resistance and response. TOPHAT and the closely related SLEEPER genes may be acting collectively to repress a suite of stress-related genes to ensure and maintain transiency of expression. We hope our study characterizing this novel DTE can further our knowledge of the importance of DTEs in genome evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».