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Enregistrement W2951467837 · doi:10.1101/350280

Childhood Cerebellar Tumors Mirror Conserved Fetal Transcriptional Programs

2018· preprint· en· W2951467837 sur OpenAlexafffund
Maria Vladoiu, Ibrahim El-Hamamy, Laura Donovan, Hamza Farooq, Borja Holgado, Vijay Ramaswamy, Stephen C. Mack, John JY Lee, Sachin Kumar, David Przelicki, Antony Michealraj, Kyle Juraschka, Patryk Skowron, Betty Luu, Hiromichi Suzuki, A. Sorana Morrissy, Florence M.G. Cavalli, Livia Garzia, Craig Daniels, Xiaochong Wu, Maleeha Qazi, Sheila K. Singh, Jennifer A. Chan, Marco A. Marra, David Malkin, Peter B. Dirks, Trevor J. Pugh, Faiyaz Notta, Claudia L. Kleinman, Alexandra L. Joyner, Nada Jabado, Lincoln Stein, Michael D. Taylor

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related molecular mechanisms research
Établissements canadiensSickKids FoundationBC Cancer AgencyMcMaster UniversityJewish General HospitalCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreMcGill UniversityMcGill University Health CentrePrincess Margaret Cancer CentreUniversity of CalgaryUniversity Health NetworkUniversity of TorontoUniversity of British ColumbiaHospital for Sick ChildrenOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeCanadian Institutes of Health ResearchNational Institute of Mental HealthHospital for Sick ChildrenTerry Fox Research InstituteNational Cancer InstituteEntertainment Industry FoundationUniversity of TorontoStand Up To CancerGenome British ColumbiaCanadian Cancer Society Research InstituteNational Institutes of HealthGovernment of CanadaOntario Institute for Cancer ResearchGenome CanadaGovernment of OntarioAmerican Association for Cancer Research
Mots-clésMedulloblastomaCerebellumBiologySonic hedgehogStem cellPopulationGranule cellNeuroscienceProgenitor cellNestinPathologyNeural stem cellCell biologyCancer researchCentral nervous systemMedicineDentate gyrus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary The study of the origin and development of cerebellar tumours has been hampered by the complexity and heterogeneity of cerebellar cells that change over the course of development. We used single-cell transcriptomics to study >60,000 cells from the developing murine cerebellum, and show that different molecular subgroups of childhood cerebellar tumors mirror the transcription of cells from distinct, temporally restricted cerebellar lineages. Sonic Hedgehog medulloblastoma transcriptionally mirrors the granule cell hierarchy as expected, whereas Group 3 medulloblastoma resemble Nestin +ve stem cells, Group 4 medulloblastomas resemble unipolar brush cells, and PFA/PFB ependymoma and cerebellar pilocytic astrocytoma resemble the prenatal gliogenic progenitor cells. Furthermore, single-cell transcriptomics of human childhood cerebellar tumors demonstrates that many bulk tumors contain a mixed population of cells with divergent differentiation. Our data highlight cerebellar tumors as a disorder of early brain development, and provide a proximate explanation for the peak incidence of cerebellar tumors in early childhood.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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