Comparison of ELISA protocols measuring HPV16 IgG antibodies and evaluation of the association between HPV16 seropositivity and HPV DNA detection
Notice bibliographique
Résumé
Bien que les infections cervicales au VPH soient très courantes, la séroconversion ne se produit pas toujours. Nous avons comparé deux protocoles basés sur deux dilutions sériques pour mesurer la séroréactivité du papillomavirus humain (VPH) de type 16 et avons étudié si la présence de l'ADN du VPH était associé à la séropositivité au VPH16. Nous avons également évalué si l'association était influencée par la co-infection avec d’autres types de VPH et par la charge virale. Les données utilisées proviennent de femmes brésiliennes qui ont participées à l'étude de cohorte Ludwig-McGill portant sur l'histoire naturelle de l'infection du col de l’utérus par le VPH. Les protocoles de sérologie étaient basés sur des particules pseudo-virales (VLP) composés par les protéines L1 ou L1 et L2 qui sont, respectivement, les protéines principale et secondaire de la capside virale. Deux dilutions sériques ont aussi été utilisées, soient : 1:10 et 1:50. La séroréactivité au VPH16 a été exprimée en rapports d'absorbance normalisé (NAR). Le génotypage de l'ADN du VPH et la charge virale ont été évalués par des méthodes basées sur la PCR. La corrélation et la concordance entre les dilutions de chaque protocole (VLP L1 et L1+L2) ont été évaluées par la corrélation de Pearson (r) et la méthode de Bland-Altman, respectivement. La performance des différents protocoles a été comparée à l’aide de courbe ROC (receiver operating characteristic) en utilisant la présence de l'ADN de VPH16 comme étalon-or. La régression linéaire a été utilisée pour analyser l'association entre la séropositivité au VPH16 et la détection de l’ADN du VPH avec les deux protocoles. La présence de l’ADN du VPH a été analysée en fonction (1) des types spécifiques de VPH plus ou moins apparentés au VPH16 et (2) l’infection VPH16 détectée seule ou en co-infection avec d’autres types de VPH. Les modèles de régression linéaire présentés ci-haut ont aussi été utilisées sur l’ensemble de la cohorte testée avec le protocole VLP L1+L2 et dilution sérique 1:10. L'impact de l'âge en tant que facteur de confusion potentiel ou modificateur d'effet a été analysé dans ce modèle. Finalement, l’association entre la charge virale de VPH16 et la séroréactivité a été analysée à l’aide de la corrélation de Pearson. L’ampleur des différences de la moyenne des log10-NAR et les écart-types entre les dilutions sériques observées pour chaque protocole (VLP L1 et L1+L2) étaient, respectivement, -0,081 (0,123) et -0,026 (0,150) unités logarithmiques. Les NARs obtenus par les dilutions sériques utilisées (1:10 et 1:50) pour chaque protocole étaient fortement corrélés (r = 0,87 vs. 0,94, respectivement). Cependant, l'utilisation de VLP L1+L2 a augmenté la performance du test à détecter les anticorps IgG anti-VPH16 en particulier avec la dilution sérique 1:10 [l’aire sous la courbe ROC la plus élevée (IC 95%) = 0,7330 (0,6465 – 0,8495)]. Les modèles de régression ont montré que la séroréactivité au VPH16 n’étaient qu’associée à la présence de l’ADN du VPH16 et non pas aux autres types. Par exemple, les analyses avec le protocole VLP L1+L2 et la dilution sérique 1:10 ont montré que la séroréactivité au VPH16 était associée à la présence de l'ADN du VPH16, β (IC 95%) = 0,24 (0,14 – 0,34), et non pas aux VPH31 ou 35, β (IC 95%) = 0.03 (-0,19 – 0,25), ou VPH52, 67, 33 ou 58, β (IC 95%) = 0,15 (-0,04 – 0,34), comparativement aux femmes infectées par tout autre type de VPH ou négative. Les analyses sur la cohorte entière avec le même protocole ont aussi montré que l’association entre la séroréactivité et l’ADN du VPH16 était similaire quand l’infection était présente seule ou en co-infection, β (IC 95%) = 0,14 (0,07 – 0,21) et β (IC 95%) = 0,11 (0,01 – 0,21), respectivement, comparativement à celles infectées par tout autre type de VPH ou négative. L’âge n’a pas été un facteur de confusion important et n’a pas été un modificateur d’effet dans l'analyse de l'ensemble de la cohorte. La charge virale du VPH16 n’a pas été corrélée avec la séroréactivité du VPH16, r (95% IC) = -0,04 (-0,34 – 0,27); β (IC 95%) = -0,01 (-0,08 – 0,06). En conclusion, le protocole le plus fortement corrélé avec l’ADN du VPH-16 a été celui avec le VLP L1+L2 et la dilution sérique 1:10. Seule la présence de l'ADN du HPV16 a été associée à la séropositivité au HPV16 (pas d’autre type de HPV), et elle n'a pas été influencée par la co-infection ou la charge virale.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,020 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».