Structure-function analysis of RNA editing ligases and their interacting protein partners in the editosome complex of «Trypanosoma brucei»
Notice bibliographique
Résumé
Trypanosoma brucei is a parasite that causes the vector-borne disease African sleeping sickness. The mitochondrial mRNAs of T. brucei undergo post-transcriptional RNA editing to make mature, functional mRNAs. The final step of this process is catalyzed by the essential ligase, Kinetoplastid RNA Editing Ligase 1(KREL1) and closely related KREL2. This study is an in vitro characterization of interaction of KREL1 and KREL2 with binding partners KREPA2 and KREPA1, respectively, using full-length, truncated and point-mutated ligases. We have shown a strong, specific stimulatory effect of the interacting partners on catalytic activity of the ligases. We have narrowed the region of contact to fifty-nine C-terminal residues for KREL1 and forty-five for KREL2. Finally we have identified the N-terminal residues F206, T264 and Y275 and C-terminal K405 on KREL1 as critical for catalytic activity as well as interaction with KREPA2. K424 and the KWKE (441-444) stretch possibly co-ordinate KREPA2 interaction during adenylylation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».