Reciprocal regulation of DNA binding of the paired domain and homedomain of Pax3
Notice bibliographique
Résumé
Pax3 is a gene that encodes for a transcription factor involved in embryogenesis. Pax3 heterozygote mutants in mice (Splotch) and humans (Waardenburg Syndrome) exhibit pigmentary disturbances. Also, neural tube defects (spina bifida) develop in homozygous splotch mice. Pax3 has 2 DNA binding domains, a paired Domain (PD), and a paired-type homeodomain (HD). We have used site-specific modification of single Cys Pax3 mutants (in a Cys-less backbone) to probe structure: function relationships. N-Ethyl maleimide (NEM) modification of a single Cys in the PD (C82) abrogates DNA binding by the PD but also by the HD. Likewise, NEM modification of V263C in the HD abrogates DNA binding by both the HD and the PD. These results demonstrate that the PD and HD do not function as independent DNA binding modules in Pax3, but are functionally interdependent. Pax3 was also modified by insertion of Factor Xa protease sites in either the PD (Xa100) or the HD (Xa216). The effect of DNA binding by the PD and HD on conformational changes in the other domain was monitored by accessibility of the Factor Xa site. Binding by the PD causes a structural change not only in the PD but also in the HD; similarly, DNA binding by the HD causes a conformational change in the PD. These results provide a structural basis for the functional interdependence of the PD and HD in Pax3. Site-specific modification of single Cys mutants was further used to identify a cluster of solvent exposed residues in the beta-hairpin structure and in the first 2 helices of the PD, which when modified (with NEM) impair DNA binding by the HD. Three-dimensional modeling shows that these residues form a hydrophobic pocket possibly defining the site of interaction of the HD. Pax3 double cysteine mutants were also generated and used with bifunctional cysteine specific reagents to monitor proximity relationships in Pax3. We have observed that cysteines placed in the N-terminal portion of the HD can be crosslinked with cysteines placed in the putative HD interaction pocket in the PD, suggesting proximity of the two segments. Taken together, these results suggest that residues in or close to the PD helix 2 and those in or close to the N-terminal arm of the HD undergo direct physical interaction, which we postulate is responsible of the functional interdependence we observe between the PD and HD of Pax3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».