Screening of Candida albicans GRACE library revealed a unique pattern of biofilm formation under repression of the essential gene ILS1
Notice bibliographique
Résumé
Candida albicans biofilm formation is governed by a regulatory circuit comprising nine transcription factors which control a network of target genes. However, there are still unknown genes contributing to biofilm features. Thus, the GRACE library was screened to identify genes involved in mature biofilm development. Twenty-nine conditional mutants were selected for a second screening revealing three groups of genes: twenty- two conditional mutants were defective for normal growth and unable to form biofilms; six strains, conditionally defective in genes ARC40, ARC35, ORF19.2438, SKP1, ERG6, and ADE5,7 that are likely essential or involved in general cell processes, grew normally as free-floating cells but produced less biofilm; finally, the conditional strain for a putative essential isoleucyl- tRNA synthetase gene, ILS1, was unable to grow as yeast-phase cells but was capable of producing a tridimensional biofilm structure in spite of reduced metabolic activity. This unique biofilm still relied on the classical biofilm genes, while it differentially induced groups of genes involved in adhesion, protein synthesis, cell wall organization, and protein folding. Although the conditional mutant repressed genes annotated for morphology and homeostasis processes affecting morphology and metabolism, the dynamic cell growth enabled the formation of a complex biofilm community independent of ILS1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».