Structural characterization of <i>Treponema pallidum</i> Tp0225 reveals an unexpected leucine-rich repeat architecture
Notice bibliographique
Résumé
The phylogenetically divergent spirochete bacterium Treponema pallidum subsp. pallidum is the causative agent of syphilis. Central to the capacity of T. pallidum to establish infection is the ability of the pathogen to attach to a diversity of host cells. Many pathogenic bacteria employ leucine-rich repeat (LRR) domain-containing proteins to mediate protein-protein interactions, including attachment to host components and establishment of infection. Intriguingly, T. pallidum expresses only one putative LRR domain-containing protein (Tp0225) with an unknown function. In an effort to ascribe a function to Tp0225, a comprehensive phylogenetic analysis was first performed; this investigation revealed that Tp0225 clusters with the pathogenic clade of treponemes. Its crystal structure was then determined to 2.0 Å resolution using Pt SAD phasing, which revealed a noncanonical architecture containing a hexameric LRR core with a discontinuous β-sheet bridged by solvent molecules. Furthermore, a surface-exposed, hydrophobic pocket, which was found in Tp0225 but is largely absent in canonical LRR domains from other pathogenic bacteria, may serve to coordinate a hydrophobic ligand. Overall, this study provides the first structural characterization of the sole LRR domain-containing protein from T. pallidum and offers insight into the unique molecular landscape of this important human pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».