Development and Application of a Software Tool/Package for Pan-Genomic Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Continuing scientific progress in genetics allows us to better understand how structural variations in an organism's gene content can lead to diversity within a species. By analyzing the sum of the genes for an entire species, we can construct a pangenome for the species. The pangenome of a species is the set of all genes present in all sub-species of a species. It consists of the core genome, which represents the genes present in all sub-species, and a variable genome, which refers to genes not present in all sub-species. micropan is an R package designed for the study of microbial pan-genomics. The genomes of prokaryotes (microbes) are relatively simple, leading to relatively simple construction of their pangenome. By comparison, plant genomes are highly repetitive and complex in comparison, and there is no general tool/package developed for pangenome construction for plant species. Due to the computational requirements of constructing such a pangenome, the tool/package required needs to be more flexible, efficient and robust than micropan. In this paper, we developed a pangenome construction pipeline that works for both prokaryotes and eukaryotes. The design of this pipeline will allow it to adapt to different selections of gene annotation and gene clustering methods. With a more efficient and robust tool/package constructed, future research can discover how to extend it from draft or finished genomes to sequencing reads.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,033 | 0,019 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».