Characterization of metal binding of bifunctional kinase/phosphatase AceK and implication in activity modulation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A unique bifunctional enzyme, isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase (AceK) regulates isocitrate dehydrogenase (IDH) by phosphorylation and dephosphorylation in response to nutrient availability. Herein we report the crystal structure of AceK in complex with ADP and Mn2+ ions. Although the overall structure is similar to the previously reported structures which contain only one Mg2+ ion, surprisingly, two Mn2+ ions are found in the catalytic center of the AceK-Mn2+ structure. Our enzymatic assays demonstrate that AceK-Mn2+ showed higher phosphatase activity than AceK-Mg2+, whereas the kinase activity was relatively unaffected. We created mutants of AceK for all metal-coordinating residues. The phosphatase activities of these mutants were significantly impaired, suggesting the pivotal role of the binuclear (M1-M2) core in AceK phosphatase catalysis. Moreover, we have studied the interactions of Mn2+ and Mg2+ with wild-type and mutant AceK and found that the number of metal ions bound to AceK is in full agreement with the crystal structures. Combined with the enzymatic results, we demonstrate that AceK exhibits phosphatase activity in the presence of two, but not one, Mn2+ ions, similar to PPM phosphatases. Taken together, we suggest that metal ions help AceK to balance and fine tune its kinase and phosphatase activities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».