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Enregistrement W2957711757 · doi:10.1016/j.xcrm.2020.100096

Treatment with Commonly Used Antiretroviral Drugs Induces a Type I/III Interferon Signature in the Gut in the Absence of HIV Infection

2019· preprint· en· W2957711757 sur OpenAlexafffund
Sean M. Hughes, Claire Levy, Joanne D. Stekler, Urvashi Pandey, Lucia Vojtech, Alicia R. Berard, Kenzie Birse, Laura Noël‐Romas, Brian Richardson, Jackelyn B. Golden, Michael Cartwright, Ann C. Collier, Claire E. Stevens, Marcel E. Curlin, Timothy H. Holtz, Nelly Mugo, Elizabeth Irungu, Elly Katabira, Timothy R. Muwonge, Javier R. Lama, Jared M. Baeten, Adam Burgener, Jairam R. Lingappa, M. Juliana McElrath, Romel D. Mackelprang, Ian McGowan, Ross Cranston, Mark J. Cameron, Florian Hladik

Notice bibliographique

RevueCell Reports Medicine · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensUniversity of ManitobaPublic Health Agency of Canada
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingJanssen BiotechCanadian Institutes of Health ResearchCenters for Disease Control and PreventionNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthJames B. Pendleton Charitable TrustMerckBill and Melinda Gates FoundationNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesJanssen PharmaceuticalsGilead SciencesNational Institute of Allergy and Infectious Diseases
Mots-clésDuodenumGastrointestinal tractMedicineInterferonBiopsyRectumImmune systemIntestinal mucosaInternal medicineImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tenofovir disoproxil fumarate (TDF) and emtricitabine (FTC) are used for HIV treatment and prevention. Previously, we found that topical rectal tenofovir gel caused immunological changes in the mucosa. Here, we assess the effect of oral TDF/FTC in three HIV pre-exposure prophylaxis trials, two with gastrointestinal and one with cervicovaginal biopsies. TDF/FTC induces type I/III interferon-related (IFN I/III) genes in the gastrointestinal tract, but not blood, with strong correlations between the two independent rectal biopsy groups (Spearman r = 0.91) and between the rectum and duodenum (r = 0.81). Gene set testing also indicates stimulation of the type I/III pathways in the ectocervix and of cellular proliferation in the duodenum. mRNA sequencing, digital droplet PCR, proteomics, and immunofluorescence confirm IFN I/III pathway stimulation in the gastrointestinal tract. Thus, oral TDF/FTC stimulates an IFN I/III signature throughout the gut, which could increase antiviral efficacy but also cause chronic immune activation in HIV prevention and treatment settings.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,070
Score d'incertitude au seuil0,929

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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