A Comparative Whole Genome Sequence Analysis Leads to Identification of Repeat-Associated Evolutionarily Conserved miRNAs in Bombyx mori (Lepidoptera: Bombycidae)
Notice bibliographique
Résumé
MicroRNAs (miRNAs) are evolutionarily conserved small noncoding RNAs, which play important regulatory roles in various biological processes. In this study, we have developed a computational approach for detecting conserved miRNAs based on comparison of whole genome sequences of closely related species by considering various key features of experimentally validated miRNAs. By applying this approach, we have identified 34 new miRNAs from Bombyx mori (L.), which are also conserved in Drosophila melanogaster (Diptera: Drosophilidae) and Anopheles gambiae (Diptera: Culicidae). Most of these miRNAs were associated with repeat region of the genome. We did an expression analysis of the 34 newly predicted miRNAs and found that 30 of these miRNAs are expressing in different tissues of B. mori. Besides, we have also predicted the putative targets of these miRNAs in B. mori based on several known characteristic features of miRNA::mRNA duplexes and found that these targets include diverse range of functions, suggesting multiple layers of gene regulation of various important biological processes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».