Replacing Mg<sup>2+</sup> by Fe<sup>2+</sup> for RNA‐Cleaving DNAzymes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract It has been proposed that Mg 2+ and Fe 2+ are very similar in interacting with ribozymes and some protein‐based enzymes, but their activities with DNAzymes have yet to be studied. Here, the activity of Fe 2+ as cofactor for a few RNA‐cleaving DNAzymes is investigated. 17E is a well‐studied DNAzyme that is active in the presence of many different divalent metal ions; it is highly active with Fe 2+ with an apparent K d of 29.7±2.3 μ m and a k obs of 1.12±0.11 min −1 in the presence of 1 m m Fe 2+ at pH 7.5. Fe 2+ has 21‐fold higher activity than Mg 2+ . Six different DNAzymes are then tested, and only the DNAzymes active with Mg 2+ (17E, 8–17, and E5) are active with Fe 2+ . Fe 2+ has 25 and one‐ to twofold higher activity than Mg 2+ for the 8–17 and E5 DNAzymes, respectively. In pH>7 buffer and in presence of air, 1 m m Fe 2+ results in a nonspecific degradation of the DNA strand due to reactive oxygen species (ROS). Cleavage reactions in anoxic environment and antioxidant ascorbate can be used to overcome the effect of oxidation. The findings provide insights for potential DNAzyme catalysis in the early Earth, and they further support the similarity between Mg 2+ and Fe 2+ in enzyme catalysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».