The role of advanced genetic testing in the management of prostate cancer post radical prostatectomy.
Notice bibliographique
Résumé
5089 Background: The genomic classifier (Decipher, GC) is a prospectively validated assay that predicts clinical metastasis post radical prostatectomy (RP) more accurately than standard clinicopathologic factors. While over 70% of high risk patients tested in a previous validation had low GC scores and good prognosis, patients with high GC scores had a cumulative incidence of metastasis over 25% over the study duration. Among men diagnosed with localized prostate cancer, these most at risk patients may derive the greatest benefit from novel therapies. We thus examined differential expression (DE) of druggable genes that may be targeted in this group. Methods: High-density microarray expression profiles of primary FFPE tumor specimens from 764 men treated with RP at the Mayo Clinic (1987-2006) were evaluated. A subset of 323 patients was flagged as high risk of clinical metastasis (mets) by virtue of having GC score ≥ 0.4. Enrichment and identification of DE genes as druggable targets were pursued using DAVID and DrugBank. Results: Median follow-up of patients was 15.1 years. Among the 323 patients with high GC scores, 62% had mets during follow-up.We identified 2,262 genes DE between mets and non-mets, 230 of which are associated with 331 approved pharmaceuticals and 547 experimental agents. These agents included multiple established anti-neoplastic therapies not currently used to treat prostate cancer such as bortezomib, capecitabine, dasatinib, etoposide, gemcitabine, imatinib, irinotecan, pemetrexed and vinblastine. The two most enriched pathways, spliceosome and ubiquitin-mediated proteolysis, have been proposed previously as therapeutic targets in cancer. Conclusions: Advanced genomic testing that includes validated molecular risk scores as well as transcriptome profiling from a single assay may better enable application of directed, multimodal therapy for individual patients with high risk prostate cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».