DNA barcoding of a complex genus, <i>Aesculus</i> L. (Sapindaceae) reveals lack of species-level resolution
Notice bibliographique
Résumé
Aesculus L. is a small genus of horticulturally important trees and shrubs, comprising 13–19 species. Frequent hybridization among species, particularly in cultivation, has contributed to taxonomic confusion and difficulties in the identification of plants. In this study, we evaluated three widely employed plant DNA barcode loci, matK, and the entire ITS region (ITS1+5.8S+ITS2) as well as subunit ITS2 for 50 individuals representing 13 species of Aesculus, excluding only A. wangii (=A. assamica). In contrast to the plastid matK region, both the ITS and ITS2 loci displayed low levels of species discrimination, especially in our “first hit” BLASTn searches. We also presented the phylogeny of Aesculus based on matK and the entire ITS region, with additional matK and ITS sequences from GenBank. Our results show that Aesculus chinensis, A. flava, A. glabra, A. pavia, and A. sylvatica are probably not monophyletic. Furthermore, with the widest taxon coverage until now, the current study highlights the importance of sampling multiple individuals, not only for DNA barcoding, but also for phylogenetic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».