Phylogenetic Analysis of 28S rRNA Gene of Indigenous Xiphinema pachydermum
Notice bibliographique
Résumé
An attempt has been made to determine the phylogenetic relationship to trace out the evolutionary pattern of the test sequence of Xiphinema pachydermum partial 28S rRNA gene and to find out relationship of the same with other selected sequences of NCBI by constructing phylogenetic trees. Nucleotide sequence of 28S ribosomal RNA gene of Xiphinema pachydermum from Solan, Himachal Pradesh (AM779749.1) showed maximum homology of 93% with Xiphinema inaequale isolate HP 28S large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence (HM163210.1) from Baijnath, Himachal Pradesh. The pairwise similarity score of 38 nucleotide sequences with test sequence elucidated 90-93% sequence identity with other sequences from India. Sequences from South Africa showed 91% identity with the test sequence while sequences from Brazil, Czech Republic, Japan, China and Slovakia showed 90% similarity. USA, Italy, Portugal, Spain, and Canada depicted 89% sequence homology with the Solan isolate. Multiple sequence alignment of 38 selected sequences of Xiphinema species having similarity score between 89 to 93 percent was performed using Clustal Omega and its output was used in Phylip 3.695 for constructing phylograms. The test sequence, AM779749.1 showed maximum closeness with another Indian isolate from Himachal Pradesh, HM163210.1 (Xiphinema inaequale) at significant bootstrap values of 100 both by Neighbor Joining and Maximum Parsimony methods respectively, which are further in close proximity to cluster of sequences containing another isolate from Himachal Pradesh, HM163211.1 (Xiphinema lambertii isolate XL 28S large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence). While close proximity to the sequences from Czech Republic, Slovakia, and Italy, however having low bootstrap value may depict that insect might have migrated from Central Europe to India or vice versa. The predicted molecular weight of deduced amino acid sequence was 6031.69Da and was found to be rich in glycine (13.6%), serine (13.6%), alanine (11.9%), proline (10.2%) and aspartic acid (8.5%).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».