Infectious agents and gene expression differ between sockeye salmon (<i>Oncorhynchus nerka</i>) smolt age classes but do not predict migration survival
Notice bibliographique
Résumé
In some salmonid populations, multiple smolt age classes co-emigrate owing to variation in the duration of freshwater residence. While it is assumed that smolts prolong freshwater residence to maximize survival, infectious agent profiles and host gene expression (GE) have not been compared between concurrently migrating age classes. We coupled molecular assays of gill samples from nonlethally biopsied Chilko Lake sockeye salmon smolts with acoustic telemetry to study variation in infectious agent profiles and GE between age classes and survival groups. Although neither infectious agent profiles or GE were associated with survival, age-2 smolts exhibited higher mortality in the first 14 km of the downstream migration. There were measurable differences between the age classes in GE and the prevalence and load of “Candidatus Branchiomonas cysticola”, a bacterium commonly found in British Columbia salmonids. Relative to age-1 smolts, age-2 smolts displayed elevated GE related to inflammation and a molecular-based mortality-related signature. Although not associated with migration failure in this study, these patterns of GE are suggestive of mortality and could have implications for smolt survival.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».