Demographic Expansion and Contraction in a Neotropical Fish during the Late Pleistocene-Holocene
Notice bibliographique
Résumé
Demographic changes during the late Pleistocene-Holocene left signatures in the DNA of contemporary populations. These signatures reveal demographic phenomena like the increase or decrease in effective population size. In this paper we searched for signatures of demographic change in the DNA of the Neotropical freshwater fish Poecilia vivipara. Also, we investigated whether demographic changes are correlated with palaeoclimatic events of the late Pleistocene-Holocene, in particular, if changes in effective population size are correlated with expansion and contraction of available habitats, induced by global ice-volume changes and sea-level fluctuations. We used Bayesian Skyline Plot (BSP) analysis with sequences from the mitochondrial gene cytochrome b to estimate the ancestral demography of the Neotropical freshwater fish P. vivipara. To test the assumptions of neutrality and absence of population structure we used Tajima’s D and Spatial Analysis of Molecular Variance (SAMOVA), respectively. Effective population size of P. vivipara remained stable until 75,000 years ago, increased by 10-fold reaching a maximum at approximately 25,000 years ago, then suddenly declined at the Pleistocene-Holocene boundary. Variation in effective population size in P. vivipara correlates with expansion and contraction of habitats induced by sea-level fluctuations, caused by the advance and retreat of ice sheets during the Last Glacial Maximum (LGM).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».