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Enregistrement W2969240680 · doi:10.1002/gcc.22803

Genetic diversity in alveolar soft part sarcoma: A subset contain variant fusion genes, highlighting broader molecular kinship with other MiT family tumors

2019· article· en· W2969240680 sur OpenAlexaff
Brendan C. Dickson, Catherine T. Chung, David Hurlbut, Paula Marrano, Mary Shago, Yun‐Shao Sung, David Swanson, Lei Zhang, Cristina R. Antonescu

Notice bibliographique

RevueGenes Chromosomes and Cancer · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSarcoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensQueen's UniversityHospital for Sick ChildrenSinai Health SystemUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Cancer Institute
Mots-clésHistogenesisAlveolar soft part sarcomaTFE3Fusion geneMalignancyBiologyGene rearrangementPathologySarcomaCabozantinibRenal cell carcinomaMedicineGeneticsGeneImmunohistochemistryGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Alveolar soft part sarcoma (ASPS) is a rare malignancy that, since its initial description, remains a neoplasm of uncertain histogenesis. The disease-defining molecular event characterizing the diagnosis of ASPS is the ASPSCR1-TFE3 fusion gene. Following identification of an index case of ASPS with a novel TFE3 fusion partner, we performed a retrospective review to determine whether this represents an isolated event. We identified two additional cases, for a total of three cases lacking ASPSCR1 partners. The average patient age was 46 years (range, 17-65); two patients were female. The sites of origin included the transverse colon, foot, and dura. Each case exhibited a histomorphology typical of ASPS, and immunohistochemistry was positive for TFE3 in all cases. Routine molecular testing of the index patient demonstrated a HNRNPH3-TFE3 gene fusion; the remaining cases were found to have DVL2-TFE3 or PRCC-TFE3 fusion products. The latter two fusions have previously been identified in renal cell carcinoma; to our knowledge, this is the first report of a HNRNPH3-TFE3 gene fusion. These findings highlight a heretofore underrecognized genetic diversity in ASPS, which appears to more broadly molecularly overlap with that of translocation-associated renal cell carcinoma and PEComa. These results have immediate implications in the diagnosis of ASPS since assays reliant upon ASPSCR1 may yield a false negative result. While these findings further understanding of the molecular pathogenesis of ASPS, issues related to the histogenesis of this unusual neoplasm remain unresolved.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,085
Score d'incertitude au seuil0,898

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,237
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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