Bioinformatic and morphological characterization of Catharanthus roseus mutants
Notice bibliographique
Résumé
Catharanthus roseus, a member of the Apocynaceae family, has been studied extensively for its valuable chemotherapeutic monoterpenoid indole alkaloids (MIAs). Ethyl methanesuphonate (EMS) mutagenesis is a screening tool that has been used to look for altered MIA profiles in hope of discovering mutations of crucial MIA biosynthetic genes. Without a high-throughput mutation detection screen for C. roseus sequencing data, a range of techniques must be used to discover the EMS-induced changes within the plant. Bioinformatic and morphological analysis revealed the likely alterations leading to unique MIA profiles in two C. roseus EMS mutants: the high-ajmalicine accumulating line M2-0754 and the low-MIA accumulating line M2-1582. Expression of geissoschizine synthase (GS) was downregulated almost seven-fold in the leaves of M2-0754, leading to the accumulation of an alternate pathway MIA from the labile intermediate. The low-MIA profile and increased auxin sensitivity of M2-1582 is likely due to the expression of a dysfunctional auxin influx transport protein homologue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».