Divergence of duplicated genes by repeated partitioning of splice forms and subcellular localization
Notice bibliographique
Résumé
Gene duplication is a prominent and recurrent process in plant genomes. Among the possible fates of duplicated genes, subfunctionalization refers to duplicates taking on different parts of the function or expression pattern of the ancestral gene. This partitioning could be accompanied by changes in subcellular localization of the protein products. When alternative splicing of gene products leads to protein products with different subcellular localizations, we propose that after gene duplication there will be partitioning of the alternatively spliced forms such that the products of each duplicate are localized to only one of the original locations, which we refer to as sublocalization. We identified the plastid ascorbate peroxidase (cpAPX) genes across angiosperms and analyzed their duplication history, alternative splicing, and subcellular targeting patterns to identify cases of sublocalization. We found angiosperms typically have one cpAPX gene that generates both thylakoidal APX (tAPX) and stromal APX (sAPX) through alternative splicing. We identified several independent lineage-specific sublocalization cases with specialized paralogues of tAPX and sAPX. We determined that the sublocalization happened through two types of sequence evolution patterns. Our findings suggest that the divergence through sublocalization is key to the retention of paralogous cpAPX genes in angiosperms.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».