G-quadruplex located in the 5′UTR of the BAG-1 mRNA affects both its cap-dependent and cap-independent translation through global secondary structure maintenance
Notice bibliographique
Résumé
The anti-apoptotic BAG-1 protein isoforms are known to be overexpressed in colorectal tumors and are considered to be potential therapeutic targets. The isoforms are derived from alternative translation initiations occuring at four in-frame start codons of a single mRNA transcript. Its 5'UTR also contains an internal ribosome entry site (IRES) regulating the cap-independent translation of the transcript. An RNA G-quadruplex (rG4) is located at the 5'end of the BAG-1 5'UTR, upstream of the known cis-regulatory elements. Herein, we observed that the expression of BAG-1 isoforms is post-transcriptionally regulated in colorectal cancer cells and tumors, and that stabilisation of the rG4 by small molecules ligands reduces the expression of endogenous BAG-1 isoforms. We demonstrated a critical role for the rG4 in the control of both cap-dependent and independent translation of the BAG-1 mRNA in colorectal cancer cells. Additionally, we found an upstream ORF that also represses BAG-1 mRNA translation. The structural probing of the complete 5'UTR showed that the rG4 acts as a steric block which controls the initiation of translation at each start codon of the transcript and also maintains the global 5'UTR secondary structure required for IRES-dependent translation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».