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Enregistrement W2974023053 · doi:10.1128/aem.01644-19

Using the Endogenous CRISPR-Cas System of <i>Heliobacterium modesticaldum</i> To Delete the Photochemical Reaction Center Core Subunit Gene

2019· article· en· W2974023053 sur OpenAlexaff
Patricia L. Baker, Gregory S. Orf, Kimberly Kevershan, Michael E. Pyne, Taner Bicer, Kevin Redding

Notice bibliographique

RevueApplied and Environmental Microbiology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensConcordia University
Organismes subventionnairesBasic Energy SciencesU.S. Department of Energy
Mots-clésCRISPRHomologous recombinationBiologyGeneticsPlasmidGeneSite-specific recombinationLocus (genetics)In silicoGenomeComputational biologyRecombinationRecombinase

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The heliobacteria are the only phototrophic members of the largely Gram-positive phylum Firmicutes , which contains medically and industrially important members, such as Clostridium difficile and Clostridium acetobutylicum . Heliobacteria are of interest in the study of photosynthesis because their photosynthetic system is unique and the simplest known. Since their discovery in the early 1980s, work on the heliobacteria has been hindered by the lack of a genetic transformation system. The problem of introducing foreign DNA into these bacteria has been recently rectified by our group; however, issues still remained for efficient genome editing. The significance of this work is that we have characterized the endogenous type I CRISPR-Cas system in the heliobacteria and leveraged it to assist in genome editing. Using the CRISPR-Cas system allowed us to isolate transformants with precise replacement of the pshA gene encoding the main subunit of the photochemical reaction center.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,391

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,229
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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