Opinion: Are Organoids the End of Model Evolution for Studying Host Intestinal Epithelium/Microbe Interactions?
Notice bibliographique
Résumé
In the pursuit to understand intestinal epithelial cell biology in health and disease, researchers have established various model systems, from whole animals (typically rodents) with experimentally induced disease to transformed human carcinomas. The obvious limitation to the ex vivo or in vitro cell systems was enriching, maintaining, and expanding differentiated intestinal epithelial cell types. The popular concession was human and rodent transformed cells of mainly undifferentiated cells, with a few select lines differentiating along the path to becoming goblet cells. Paneth cells, in particular, remained unculturable. The breakthrough came in the last decade with the report of conditions to grow mouse intestinal organoids. Organoids are 3-dimensional ex vivo "mini-organs" of the organ from which the stem cells were derived. Intestinal organoids contain fully differentiated epithelial cells in the same spatial organization as in the native epithelium. The cells are suitably polarized and produce and secrete mucus onto the apical surface. This review introduces intestinal organoids and provide some thoughts on strengths and weaknesses in the application of organoids to further advance our understanding of the intestinal epithelial-microbe relationship.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».