5-Hydroxymethylcytosine in cord blood and associations of DNA methylation with sex in newborns
Notice bibliographique
Résumé
DNA methylation has been widely studied for associations with exposures and health outcomes. Both 5-methylcytosine (5mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) are epigenetic marks that may function differently to impact gene expression; however, the most commonly used technology to assess methylation for population studies in blood use are the Illumina 450K and EPIC BeadChips, for which the traditional bisulfite conversion does not differentiate 5mC and 5hmC marks. We used a modified protocol originally developed by Stewart et al. to analyse oxidative bisulfite-converted and conventional bisulfite-converted DNA for the same subject in parallel by the EPIC chip, allowing us to isolate the two measures. We measured 5mC and 5hmC in cord blood of 41 newborn participants of the Center for Health Assessment of Mothers and Children of Salinas (CHAMACOS) birth cohort and investigated differential methylation of 5mC + 5hmC, isolated 5mC and isolated 5hmC with sex at birth as an example of a biological variable previously associated with DNA methylation. Results showed low levels of 5hmC throughout the epigenome in the cord blood samples in comparison to 5mC. The concordance of autosomal hits between 5mC + 5hmC and exclusive 5mC analyses were low (25%); however, overlap was larger with increased effect size difference. There were 43 autosomal cytosine nucleotide followed by a guanine nucleotide (CpG) sites where 5hmC was associated with sex, 21 of which were unique to 5hmC after adjustment for cell composition. 5hmC only accounts for a small portion of overall methylation in cord blood; however, it has the potential to impact interpretation of combined 5hmC + 5mC studies in cord blood, especially given that effect sizes of differential methylation analyses are often small. Several significant CpG sites were unique to 5hmC, suggesting some functions distinct from 5mC. More studies of genome-wide 5hmC in children are warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».